מי הוא הגזע הטהור?
בשנות ה-2000 נמתחה ביקורת על חלקו המכריע בעליית יהודי תימן, בעיקר על רקע הטענה כי לתפיסתו ראה את היהודי התימני כ"כוח עבודה זול". סיפורם הכאוב של תימני כנרתאותם שקד רופין להעלות, נחשף בספרו של פרופ' יהודה ניני "ההיית או חלמתי חלום, תימני כנרת – פרשת התיישבותם ועקירתם" והוצג כדוגמה ליחס מתנשא כלפי יהודי המזרח מצד חלק מראשי היישוב ורופין בראשם. לפי מחקריו של איתן בלום, פעולותיו של המשרד הארצישראלי כלפי התימנים גובשו על פי תוכניתו האיגנית (תוכנית להשבחת הגזע) של רופין, שסבר שהתימנים אינם יהודים "טהורי גזע" אלא "טיפוסים מיוחדים" (ערבים שהתגיירו או כאלה שדמם מעורב בדם ערבי) ומשום כך התנגד לנישואים בינם לבין עולי מזרח אירופה, בהם ראה את "החומר האנושי" החיובי שעליו צריך להיבנות העם היהודי המתחדש.
